El programa de Doctorado del Centro Henry Hazlitt de la Universidad Francisco Marroquín es el camino ofrecido a los estudiantes para obtener un título de doctor, el grado académico último y preeminente que puede conferir la universidad.

El programa agrupa todos los estudios doctorales de la Universidad Francisco Marroquín, sin distinción de disciplinas. 

El doctorado se plantea como un enriquecimiento intelectual del doctorando que de forma libre decide abordar un tema de investigación, desarrollarlo siguiendo los parámetros científicos, someterlo a la crítica de otros doctores y concluirlo aportando un resultado objetivo, general, sistemático y verificable

El título de doctor al que se opta reconoce un doctorado en investigación cimentado en la defensa de una tesis basada en una investigación original, por tanto, el equivalente al PhD o Philosophiae Doctor del mundo anglosajón.